Evolutionarily conserved untranslated regions facilitate the cloning of complete coding sequences of chondriogenes encoding NADH dehydrogenase subunits in higher plants;
Regiones conservadas no traducidas facilitan el clonado de los genes mitocondriales que codifican las subunidades de NADH dehidrogenasa en plantas

In plants, the mitochondrial NADH dehydrogenase(complex I) is a large protein complex transferring electrons to ubiquinone.For the nine chondriogenes encoding complex I subunits (nad1,nad2, nad3, nad4, nad4L, nad5, nad6, nad7, and nad9), an efficientstrategy for the cloning of complete coding sequences (CDSs) is important.Specific orthologous portions of untranslated regions (UTRs)were found based on multiple sequence alignments of chondriogeneorthologues encoding complex I subunits in plant species. Based onthe conservation of partial UTRs, a one-step PCR strategy was conceivedfor the cloning of CDSs of the nine chondriogene orthologues.Using this strategy, the five complete mitochondrial open readingframes (ORFs) , which encode mitochondrial NADH dehydrogenasesubunits, nad1, nad2, nad6, nad7 and nad9 respectively, were cloned inthree angiosperm species: kenaf (Hibiscus cannabinus), camphor tree(Cinnamomum camphora), and ramie (Boehmeria nivea). The fifteencloned PCR products also included 5' and 3'-UTR partial sequences.Moreover, a potential C-U RNA editing site was identified in the startcodon of kenaf nad9. In conclusion, the simple and efficient strategyavoids the use of time-consuming rapid amplification of cDNA ends(RACE) process, and facilitates the cloning mitochondrial completeORFs whose 5' and 3' flanking UTR contain an orthologous regionwith some degeneracy in higher plant species.

En plantas, la deshidrogenasa NADH de la mitocondria(complejo I) es un gran complejo de proteínas que transfiere electronesa la ubiquinona. Para los nueve genes mitocondriales que codifican lassubunidades del complejo I (nad1, nad2, nad3, nad4, nad4L, nad5, nad6,nad7, y nad9), es importante una estrategia eficiente para el clonado desecuencias completas de codificación (CDSs). Se observaron porcionesortólogas específicas de regiones no traducidas (UTRs) basado en alineamientosde secuencias múltiples de ortólogos de genes mitocondrialesque codifican subunidades del complejo I en las especies vegetales.Basado en la conservación de UTRs parciales, se determinó una estrategiaPCR de un paso para la clonación de CDSs de los nueve ortólogosde genes mitocondriales. Usando esta estrategia, las cinco estructuras delectura abierta mitocondriales (ORFs) , que codifican subunidades dela NADH deshidrogenasa mitochondrial (i.e., nad1, nad2, nad6, nad7,y nad9), se clonaron en tres especies de angiospermas: Hibiscus cannabinus,Cinnamomum camphora, y Boehmeria nivea. Los quince productosPCR clonados también incluyeron las secuencias parciales 5' y 3'-UTR.Más aún, se identificó un sitio de edición potencial C-U RNA en elcodón de iniciación del nad9 de Hibiscus cannabinus. En conclusión, laestrategia simple y eficiente evita el uso del proceso de amplificaciónrápida de las terminaciones de cDNA (RACE) que consume muchotiempo, y facilita la clonación del ORFs mitochondrial completo cuyoslados 5' y 3' del UTR contienen una region ortóloga con alguna degeneraciónen las especies de plantas superiores.